AU (Audio Unit) plugins zijn .component-bestanden die zich bevinden in de gebruikers- of systeemmap Library/Audio/Plug-ins/Components. macOS wordt geleverd met meerdere AU-plugins, en veel externe partijen bieden ook AU-plugins aan.Vrijwel alle AU-plugins zijn AUv2. Sommige nieuwere zijn AUv3. MultitrackStudio ondersteunt beide versies.
AU-plugins kunnen in een effectslot worden geladen via het pijltje omlaag van de slot. De AU-plugins verschijnen in het Plugins-gedeelte van de keuzelijst. De plugin wordt getoond in een venster met Bypass- en Presets-knoppen. Eventuele presets die bij de plugin horen verschijnen in het Presets-menu.
Als een AU-plugin in een fouttoestand raakt, kun je Command-R indrukken terwijl de plugin-interface zichtbaar is. Dit slaat de instellingen op, laadt de plugin opnieuw en laadt vervolgens de instellingen opnieuw in.
Sommige plugins genereren MIDI-data. Deze MIDI-uitvoer wordt samengevoegd met de data van de MIDI-ingangsapparaten als de plugin zich in een opnemende audiotrack bevindt en Soft Monitoring is ingeschakeld. MIDI-uitvoer van plugins wordt alleen omgezet van MPE naar MIDI 2.0 als de plugin óf MPE-configuratieberichten (RPN 6) verstuurt óf meldt dat hij MPE ondersteunt (volgens de MPE-specificaties).
Opmerking: Als je AU-plugins installeert terwijl MultitrackStudio actief is, moet je MultitrackStudio mogelijk opnieuw starten voordat de nieuwe plugins verschijnen (de pluginlijst wordt slechts één keer verzameld).