Traditioneel wordt de multitrack-opname gemixt naar een stereo bandrecorder. Deze stereo-opname wordt vervolgens "gemastered", wat meestal betekent dat er EQ en (multiband)compressie wordt toegepast. Bij het masteren voor vinyl moesten EQ en compressie worden toegepast om te voorkomen dat de naald uit de groef sprong.
Met MultitrackStudio is masteren na een mix-down naar stereo niet logisch, omdat alle instellingen die betrokken zijn bij de mix in het songbestand worden opgeslagen en op elk moment kunnen worden teruggehaald. Je kunt effecten toevoegen aan de Master-sectie van de mixer en die gebruiken voor masterdoeleinden. Meestal worden een EQ, een Compressor en een Master Limiter-effect gebruikt. De Master Limiter moet het laatste effect zijn. Als multibandcompressie nodig is, kan een Multiband Compressor worden gebruikt.
Bij het masteren van een aantal nummers die bij elkaar horen (een cd, bijvoorbeeld), is het belangrijk dat de nummers "hetzelfde" klinken. Ze moeten even luid zijn, dezelfde klankbalans hebben, enzovoort. De songlijst-functie van MultitrackStudio kan hiervoor handig zijn. Met een songlijst kun je het hele project beluisteren voordat je de individuele nummers daadwerkelijk naar stereo mixt.
De song kan naar een stereo bestand worden gemixt met behulp van de optie "Mix naar audiobestand" in het Mix-Export-menu.