De volgende MIDI-bestandsformaten worden ondersteund:
.MID-bestanden kunnen worden opgeslagen als .MPT-bestanden en omgekeerd.
Een MIDI-bestand kan meer dan één stream bevatten (in MIDI-termen een "track" genoemd, maar hier hernoemd om verwarring te voorkomen). MultitrackStudio ondersteunt het gebruik van meerdere streams in een track, hoewel dit niet wordt aanbevolen.
MultitrackStudio ondersteunt geen patch wisselingen binnen een stream. Als er een program change of bank change wordt aangetroffen bij het openen van een bestand, dan wordt er een nieuwe stream aangemaakt. Verder kunnen MultitrackStudio-streams alleen berichten verzenden naar één MIDI-kanaal (het kanaal waarop de program change is verzonden). Dus als een stream in je bestand berichten naar meer dan één MIDI-kanaal stuurt (wat sowieso een slechte gewoonte is), dan zal het bestand misschien niet verschijnen zoals bedoeld.
Onder de motorkap
MultitrackStudio slaat MIDI 2.0 per-noot controls op in MIDI 1.0-bestanden als NRPN-waarden. Software anders dan MultitrackStudio zal de per-noot controls in geëxporteerde MIDI-bestanden niet herkennen, maar de bestanden wel laden.
De hogere resoluties van MIDI 2.0 (16 bits voor velocity, 32 bits voor controllers, enz.) blijven behouden in .mid-bestanden die in tracks worden gebruikt, opnieuw via NRPN-parameters. De hoge resoluties verschijnen niet in geëxporteerde .MID-bestanden, in tegenstelling tot per-noot controls.